Los protozoarios son organismos unicelulares cuya unidad es una célula eucariota con capacidad para cumplir todas las funciones requeridas para asegurar la persistencia de la especie. Como toda célula eucariota tiene un núcleo verdadero cuyas características pueden ser de utilidad taxonómica, por ejemplo en el género Entamoeba.

La célula puede presentar un núcleo, como en Tripanosoma cruzi, dos como en Giardia intestinalis o más como en los quistes de Entamoeba coli. El núcleo está rodeado por el citoplasma, rico en organelas, donde se efectúan una parte importante de los procesos fisiológicos. Lo separa del medio externo la membrana plasmática. Esta última tiene gran importancia en la vida del parásito, tano para el reconocimiento del huésped como para la adaptación a cada uno de sus hábitats.
Los protozoos se dividen en distintas Clases o Phylum, teniendo en cuenta la movilidad del trofozoíto y el tipo de organela que para ello posean:

1.    Zoomastigophora: se movilizan por la ayuda de uno o más flagelos y en ocasiones membrana ondulante. Por ejemplo Tripanosoma cruzi, Giardia intestinalis, Trichomonas vaginalis.

2.    Rhizopoda: se movilizan por la emisión de pseudópodos, son llamadas amebas. Por ejemplo Entamoeba histolytica, Entamoeba coli, etc. La emisión de pseudópodos es empleada por las amebas no sólo para desplazarse sino también para incorporar alimento. Por este mecanismo son fagocitados por ejemplo glóbulos rojo en el caso de Entamoeba histolytica y bacterias en el caso de Entamoeba coli. En las preparaciones en fresco la manera de emitir pseudópodos puede ser útil para identificación de especie, son direccionales y explosivos a 37ºC en Entamoeba histolytica.

3.    Apicomplexa: carecen de organelas especializadas para su movimiento. Se caracterizan por presentar en su extremo apical una serie compleja de estructuras que están involucradas en el mecanismo de interiorización celular. Por ejemplo Toxoplasma gondii, Plasmodium sp., Isospora belli

4.    Ciliophora: son protozoarios complejos que portan cilios como medio de locomoción, por ejemplo Balantidium coli

5.    Microspora: Phylum agregado recientemente, incluye patógenos oportunistas.
 

Los protozoarios se reproducen mayoritariamente por mecanismos asexuales:
1-    división binaria simple: proceso en el que el núcleo sufre una mitosis y luego se divide el citoplasma, por ejemplo Entamoeba histolytica
2-    endodiogenia: se generan dos células hijas en el interior de la célula madre y sólo cuando aquellas han completado su maduración la célula madre se destruye, por ejemplo Toxoplasma gondii
3-    esquizogonia: proceso por el que el núcleo del trofozoíto sufre una división múltiple, cada nuevo núcleo se rodea de una porción de citoplasma y de membrana plasmática, generando merozoítos, por ejemplo Plasmodium spp.
En el caso de los parásitos comprendidos en la Rama Apicomplexa, su ciclo evolutivo se completa alternando sucesivamente ciclos de multiplicación asexuada y multiplicación sexuada, gametos masculinos y femeninos que originaran un cigote del que surgirán numerosos esporozoítos, esto es reproducción esporogónica. Los ciclos asexuados y sexuados pueden tener lugar en un único huésped o en huéspedes diferentes.